Tietopyyntö HUS 087-2022 Genomitiedon data-analyysijärjestelmä

TÄMÄ EI OLE HANKINTAILMOITUS TAI TARJOUSPYYNTÖ VAAN TIETOPYYNTÖ MARKKINAKARTOITUSTA JA TEKNISTÄ VUOROPUHELUA VARTEN: Tämä tietopyynnön / ilmoituksen vuoropuhelulla kartoitetaan markkinoita ja saadaan hankintaa koskevaa tietoa. Tarkoituksenamme on selvittää tekniset ratkaisut, hinnoitteluperiaatteet ja kustannustaso budjettia varten. Pyydämme ensisijaisesti toimittamaan kirjallisen selvityksen pyydetyistä asioista. Tietopyynnön vastausten perusteella saatetaan toimittajalle tarjota mahdollisuus esitellä ratkaisujaan myöhemmin ilmoitettavalla tavalla. Hankintayksikkö voi käyttää vastauksia tulevan hankinnan suunnittelussa. Vastaaminen tietopyyntöön ja vuoropuheluun osallistuminen eivät ole edellytys mahdolliseen myöhemmin toteutettavaan kilpailutukseen osallistumiselle eivätkä sido siihen osallistuvia tahoja. Jos kilpailutus toteutuu, saatamme lähettää tietopyyntöön vastanneille tarjouspyyntöasiakirjojen luonnoksia kommentoitavaksi. HUS on kiinnostunut luotettavasta ja tietoturvallisesta data-analyysiratkaisusta, jolla analysoida mm. biolääketieteellisissä tutkimuksissa ja kliinisessä diagnostiikkatyössä Illumina-sekvensaattoreilla tuotettua ihmisperäistä sekvensointitietoa ja suorittaa nopeasti, laadukkaasti ja luotettavasti niiden sekundaarianalyysejä. Järjestelmän pitää soveltua niin kohdennetuilla, koko eksomin laajuisilla, koko genomin laajuisilla kuin myös metylaatio- ja transkriptomisekvensointiprotokollilla tuotetulle sekvensointitiedolle. Sen pitää pystyä käsittelemään somaattisiin ja ituratanäytteisiin liittyvää sekvensointitietoa. Järjestelmän on tuotettava linjaustiedot ja emäs- sekä rakennemuutoskutsut tavanomaisista iturata ja somaattisista sekvensointituotoksista eksomilaajuisesti alle kolmessakymmenessä minuutissa ja genomilaajuisesti alle kahdessa tunnissa. Järjestelmän tulee myös olla kykenevä tuottamaan ilmentymisestimaatti- ja fuusiogeenikutsuja transkriptomisekvensointitiedosta ja arvioimaan mikrosatelliitti-instabiliteetti ja homologisia rekombinaatio -poikkeamien laajuutta syöpänäytteissä. Järjestelmän laadukkuus on varmistettavissa puolueettomista arvioinneista. Arvioinneissa järjestelmän laadukkuutta on arvioitu suhteessa muihin vastaaviin järjestelmiin ja se on sijoittunut kärkipäähän. Järjestelmän on oltava asennettavissa paikallisille palvelimille ja se vastaanottaa sekvenssitietoa FASTQ- sekä BCL-muodossa. Järjestelmän on tuotettava tulostiedostoja yleisesti tunnistetuissa tiedostoformaateissa, sen on osattava käsitellä myös pakattuja tiedostomuotoja ja analyysien laatu on oltava varmistettavissa laatuarvojen avulla. Järjestelmän on oltava integroitavissa HUS Tietoaltaalle. HUS pyytää data-analyysijärjestelmästä seuraavia tietoja: - Listausta suoritettavista geneettisistä analyyseistä sekä näytetyypeistä - Listaus puolueettomista arvioinneista järjestelmään liittyen - Kuvaus järjestelmän käytön laajuudesta ihmisperäisen sekvensointitiedon analyysissä - Kuvaus palvelun toteutuksesta - Kuvaus järjestelmän integrointimahdollisuuksista - Yhteistyö- ja toimintamallit, mitä toimittaja näkee tarkoituksenmukaiseksi HUS pyytää budjetointia varten seuraavia hintatietoja: - Mihin järjestelmän laskutus asiakkaalta perustuu ja esimerkin hinnoittelusta - Hinnoittelurakenteen kuvaus (lisenssipolitiikka tai palvelumaksu) Toimittajien antamat vastaukset käsitellään luottamuksellisesti.