Koronavirusnäytteiden sekvensointipalvelu

Koronavirusnäytteiden sekvensointipalvelun hankinta Helsingin yliopistolta (HY) ja sen alaiselta Suomen molekyylilääketieteen instituutilta (FIMM) Suomessa kiertävien koronaviruskantojen geneettisen muuntelun seurantaa sekä yleisvaarallisen tartuntataudin torjuntaa varten.

Koronaviruksen genomipohjainen seuranta (kokogenomin sekvensointi) yleisvaarallisen tartuntataudin torjuntaa varten kuuluu THL:n Terveysturvaajat-osaston ydintehtäviin. Myös 14.9.2021 päivitetyn kansallisen COVID-19-testaus- ja jäljitysstrategian mukaisesti kansallisena tavoitteena on edelleen havaita kliinisesti merkittävät uudet koronavirusmuunnokset nopeasti, ja seurata, minkälaisia koronaviruskantoja Suomessa kiertää. Koronaviruspandemian ennakoimattomuus tekee seurannan toteuttamisesta haasteellista ja siksi sekvensointitarpeen laajuutta kullakin hetkellä on vaikea arvioida. Koronapandemian luonteen muuttuessa ja rokotuskattavuuden kasvaessa pandemian seurannan ja torjunnan painopiste siirtyy rokotusohjelman vaikuttavuuden arviointiin, mikä edelleen muuttaa myös testaustoiminnalle asetettavia vaatimuksia. Sekvensointia käytetään jatkossa otospohjaisesti ja tarkoituksenmukaisesti tilannekuvan ylläpitämiseksi, torjuntatoimien kohdentamiseksi sekä uusien virusmuunnosten havaitsemiseksi. THL on saanut merkittävän rahoituksen infektiotautien varautumisen ja seurannan edistämiseen Suomessa. Rahoitus on myönnetty Euroopan tautikeskus ECDC:n ja Euroopan komission HERA*- rahoitusinstrumentin kautta 13 kuukaudeksi ajalle 09/2021-09/2A22 (Liite 1. HERA-sopimus). Rahoituksen avulla on tarkoitus laajentaa koronan geneettisen seurannan eli sekvensoinnin kattavuutta THL:ssa, uudistaa hengitystievirusinfektioiden seurantaa Suomessa sekä tukea laajemmin mikrobiologista geneettistä seurantaa. * HERA: Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the Covid-19 pandemic in the European Union and European Economic Area (Ref. Grant/2021/PHF/23776) Rahoituksen myöntämisen johdosta THL on aloittanut valmistelut laajamittaisen, keskitetyn sekvensointikapasiteetin siirtämiseksi ja pystyttämiseksi omiin tiloihinsa. Kilpailutustoiminta on jo aloitettu sopimuskauden alussa, syyskuussa 2021 (Liite 2. HERA-hankkeen aikataulu). Keskitetyn sekvensoinnin käyttöönotto THL:ssa tulee toteutumaan viimeistään HERA-sopimuskauden loppuun mennessä, 30.9.2022. Suomessa kiertävien koronaviruskantojen geneettisen muuntelun seurantaa varten tehtävää sekvensointia tehdään ulkopuolisen palveluntarjoajan toimesta, kunnes sekvensointikapasiteetti on pystytetty THL:een. Sopimus palveluntarjoajan kanssa tehdään korkeintaan HERA-rahoituskauden loppuun asti, jonka jälkeen kokogenomisekvensointi siirtyy kokonaisuudessaan THL:n toteutettavaksi Sopimuksesta ulkopuolisen palveluntarjoajan kanssa luovutaan heti kun THL:n oma kapasiteetti on käytössä.

Mikäli toinen toimija katsoo vastoin hankintayksikön käsitystä kykenevänsä toteuttamaan hankinnan ja ettei suorahankintaperuste pidä paikkansa, toimijaa pyydetään viivytyksettä ilmoittamaan asiasta hankintayksikölle, jotta hankintayksikkö voi arvioida asian uudelleen ja tarvittaessa keskeyttää suorahankinnan oma aloitteisesti.