Sekvensaattori analyysijärjestelmällä

Sekvensaattorin päivittäminen uuteen.

Turun biotiedekeskuksella on tarve päivittää vanha sekvensaattori uuteen. Hankittava Illuminan Miseq i100Plus tulee korvaamaan Illuminan vanhan Miseq-laitteen. Laitetta tullaaan käyttämään Novaseq X-laitteen ajojen laadun varmistamiseen, joten on tärkeää, että laitteissa on sama sekvensointikemia. Näin tuloksia voidaan käyttää laadunvarmistukseen ennen isompaa sekvensointiajoa Novaseq X:llä. Sama sekvensointikemia varmistaa, että data on täysin vertailukelpoista laitteiden välillä. Molemmissa laitteissa Illuminan XLEAP-SBS kemia. Miseq i100Plus mahdollistaa nopeat laadunvarmistusajot (alle 8h) 5M readia tuottavalla kitillä sekä index-first sekvensoinnin laadunvarmistusajoissa. Laitteessa on oma datan prosessointi, joka on sama kuin Novaseq X:n serveri, ja siten data on suoraan siirrettävissä olemassa olevalle erilliselle Illumina datan käsittelyserverille. Reagenssien toimitus ja säilytys tapahtuu huoneenlämmössä eli ei synny tarvetta kylmäsäilytykselle missään vaiheessa. Laitteen integroiminen olemassa olevaan laatujärjestelmään ja sen vaatimuksiin on suoraviivaista, koska Illumina on yliopiston laatujärjestelmässämme hyväksytty toimittaja. Ainoa mahdollinen toimittaja kaikki vaaditut ominaisuudet täyttävälle sekvensaattorille on Illumina Finland Oy. Tämän johdosta Turun yliopisto on päättänyt tehdä hankintalain (1397/2016) 40 §:n 2 momentin 2-kohdan perusteella suorahankinnan, koska vain tietty toimittaja, Illumina Finland Oy, kykenee teknisestä sekä muusta syystä johtuen toteuttamaan hankinnan.